Em 1928 é iniciada a construção do Arsenal do Alfeite, financiada pelas indemnizações alemãs da 1ª Guerra Mundial, após a assinatura do acordo de Versalhes. As obras de construção foram concluídas em Dezembro de 1937 e entrou em plena laboração em 1938, mas só a 3 de Maio de 1939, o Arsenal do Alfeite foi formalmente inaugurado. O Arsenal do Alfeite, criado pelo Decreto-Lei n.º 28 408, de 31 de Dezembro de 1937, foi considerado, então, um dos maiores e melhores apetrechados estabelecimentos do género.
Desde logo o Arsenal do Alfeite iniciou a sua laboração com as reparações dos contratorpedeiros da Armada, “Dão” e “Tâmega”, sendo este último, o primeiro navio a atracar no Estaleiro. A par destas reparações, foi iniciada a construção de navios, tendo no próprio dia da inauguração do Estaleiro, sido efectuada a cerimónia de “assentamento da quilha”, daquele que viria a ser o 1º navio a ser construído, o navio Hidrográfico ”D. João de Castro”. Estava assim lançada a actividade do Estaleiro que seria durante muitas décadas uma referência, a nível nacional e internacional, não apenas na construção, reparação e manutenção de navios militares, como também na construção de grandes, médios e pequenos navios mercantes.

As três décadas que se seguiram, os anos 40, 50 e 60 do séc. XX, foram caracterizadas por uma relativamente grande autonomia de gestão, que permitiu ao AA, não só a construção de navios militares e outros, para entidades estatais, tais como : várias classes de Patrulhas (N.P.) e (L.F.P) ; Vedetas de transporte de passageiros ; Batelões de carga ; Rebocadores ; e até um Navio Petroleiro, o “ Sam Brás” (1º petroleiro construído em Portugal), mas também contribuir para o desenvolvimento da Marinha Mercante Nacional com a construção de grandes navios para a então designada Soponata (Sociedade Portuguesa de Navios Tanque), os Petroleiros : “Sameiro”, “São Mamede”, “Erati “ e “Gerês”, este último, com 191,7 metros de comprimento e 35625 toneladas de Deslocamento, foi até hoje o maior navio construído no AA. De referir também a construção do Cargueiro (Casco) “ Beira”, para a Companhia Nacional de Navegação.
Neste longo período o AA construiu também para Armadores estrangeiros, nomeadamente: do Reino Unido, os Arrastões de Pesca, “Portisham” e “Portaferry”; da Suécia, o navio Petroleiro (Casco) “ Hector”; e no final da década de 60, do Liechtenstein, o Iate “Donapila II”, projecto do arquitecto português, Jorge de Almeida Araújo.

A partir da década de 1970 realizam-se várias obras que permitiram aumentar as capacidades operacionais do Estaleiro, nomeadamente a construção de uma Doca Seca e de uma Doca Flutuante, esta última, construída no AA, destinada principalmente a docar e reparar os submarinos classe “Albacora” da Armada. Submarinos estes, para cujas reparações e manutenção, o A.A. formou em França e em Portugal, operários e técnicos com elevado grau de especialização e integrou um serviço dedicado, a IRS (Inspecção de Reparação de Submarinos). Assim, nas décadas de 70 e 80 o aumento da capacidade de docagem permitiu ao Estaleiro realizar as grandes revisões (GR’s) das Fragatas e dos Submarinos, alargando o âmbito da manutenção dos meios navais da Armada, onde se inclui, pela sua importância a grande modernização do Navio Escola “Sagres” em 1988.

Ainda nestas duas décadas o Estaleiro não deixou de realizar algumas grandes obras navais, começando logo no início dos anos setenta pela construção de um Navio Balizador, o “Shultz Xavier”. Mais tarde, em virtude da abertura política verificada com o 25 de Abril de 1974, o Estaleiro alargou mesmo o seu mercado, construindo dois grandes Navios de Carga Refrigerada, o “Dzieci-Polskie” e o “Zyrardów”, para a Polónia. Seguiram-se: uma Lancha de Desembarque Grande (LDG); várias Lanchas de Desembarque Médias (LDM); um “Navio de Pesquisas Oceânicas”; várias Vedetas de Transporte de Passageiros; duas Lanchas salva-vidas; Lanchas de Fiscalização, a classe “Albatroz”; duas Lanchas Hidrográficas, “Andrómeda e “Auriga”.

Entre 1990 e a actualidade ocorreram várias reestruturações sendo as mais importantes as que vieram criar novas valências e capacidades ao Estaleiro, como sejam a integração no AA, das Oficinas de Armamento e de Electrónica, a criação e acreditação dos Laboratórios do AA, e também, ao nível da gestão da produção, a melhoria verificada com a implementação, em 1994, do SIAGIP (Sistema Informático de Apoio à Gestão Integrada da Produção). Por outro lado continuou a verificar-se a tendência que já vinha da década anterior, para um significativo e progressivo decréscimo do n.º de trabalhadores e ao nível da gestão, uma maior dependência da hierarquia da M.G.P.. Na década de 90, correspondendo aos superiores interesses da Marinha, o AA assegurou a especialização de trabalhadores, não só em Portugal como no estrangeiro, para a manutenção das Fragatas da classe “Vasco da Gama”, nomeadamente nas áreas da mecânica, electricidade, electrónica e armamento.

Apesar de a manutenção dos navios passar a ser preponderante, no que refere ao volume de trabalho, não pode deixar de salientar-se, pela sua importância, os aspectos da construção e inovação tecnológica. Neste âmbito, em simultâneo com as grandes reparações dos navios da Armada, o Estaleiro continuou, como em décadas anteriores, na vanguarda em vários domínios da Construção Naval Nacional, com projectos próprios e tecnologicamente inovadores – protótipos – alguns de alta tecnologia, pela 1ª vez projectados em Portugal. São exemplo as construções das Lanchas de Patrulha Costeira em PRFV (Plástico reforçado a fibra de vidro), a classe “Argos”, com um sistema inovador de lançamento e recolha em movimento, da sua embarcação semi-rígida, Lanchas Patrulha para a República da Guiné-Bissau, projecto misto PRFV/Alumínio, com propulsão por hidrojactos, Lanchas de Patrulha Costeiras em alumínio naval, a classe “Centauro”, duas Lanchas de Fiscalização portuária, a classe “Bolina”, com projecto e manufactura assistidos por computador-CAD/CAM, três Lanchas salva-vidas para o ISN, com “estabilidade náutica” de tipo auto-endireitante.

Ainda neste período, refira-se, em meados dos anos 90, o Projecto, parte da construção e aprestamento (à excepção do casco, reconstruído em Aveiro no estaleiro “Ria Marine”) de uma Fragata de Guerra do séc. XIX, a “D. Fernando II e Glória”, realizado no AA com recurso a intensa investigação histórica e consultadoria externa e aprontado para a EXPO 98.

Como notas gerais, regista-se que, para além das obras próprias o AA realizou durante a sua já longa existência, outros trabalhos dignos de nota, para a Indústria Naval e Metalomecânica Portuguesa, tais como a manufactura de grandes estruturas: enformação de chapa e construção de blocos para superpetroleiros da Lisnave na Margueira; enformação de chapa e blocos para navios construídos em Viana do Castelo; elementos de guindastes ou de pórticos -e.g.: bogis, lança e pernas do pórtico da “Setenave” na Mitrena, etc. …

No que refere à formação, é sabido que ao longo dos últimos setenta anos o AA tem sido uma “Escola” da Industria Naval e da metalomecânica nacional, pois a contribuição dada a essas Industrias, pelos trabalhadores especializados no AA ao longo dos anos, é tão extensa que as suas consequências dificilmente podem ser avaliadas. São apenas alguns exemplos: a deslocação e permanência durante vários anos das décadas de 60 e 70, de uma equipa de mestres do AA, no estaleiro de Viana do Castelo, para formação daquele Estaleiro na construção de navios por blocos, a formação dada por técnicos saídos do AA, nas escolas de formação da Lisnave ou os muitos profissionais das mais diversas áreas tecnológicas, que ingressaram nas indústrias de toda a área metropolitana de Lisboa e cuja formação foi adquirida nas oficinas do estaleiro, ou iniciada na Escola de Formação do AA, criada no início dos anos setenta.

Em 1990 o AA foi agraciado pelo Sr. Presidente da República, Dr. Mário Soares no âmbito do cinquentenário do estaleiro, a Insígnia de Membro Honorário da Ordem do Mérito Agrícola e Industrial (Classe do Mérito Industrial).

Em 2007, a Câmara Municipal de Almada deliberou atribuir ao AA a Insígnia e Medalha de Ouro da Cidade de Almada, a mais alta distinção municipal.

Volvidas sete décadas de actividade, o Ministério da Defesa Nacional, através do Decreto-Lei n.º 33/2009, de 5 de Fevereiro, estabeleceu a extinção do Arsenal do Alfeite, com vista à sua empresarialização.
Sucede, então, ao “Arsenal do Alfeite”, a Arsenal do Alfeite, S.A., constituída com a forma de sociedade anónima, com capitais exclusivamente públicos, a qual integra o cluster naval da EMPORDEF, SGPS, S.A., holding das indústrias de defesa portuguesas cuja actividade consiste na gestão de participações sociais detidas pelo Estado em sociedades ligadas directa ou indirectamente às actividades de defesa, como forma indirecta de exercício de actividades económicas.
A Arsenal do Alfeite, S.A. iniciou a sua actividade no dia 1 de Setembro de 2009, tendo na sua génese a necessidade de criação de uma entidade de referência na indústria naval, a nível nacional e internacional, imposta pela evolução tecnológica deste sector.